Bordesholm entstand im Jahre 1330 durch den Umzug des Augustiner-Chorherrenstift aus Neumünster auf eine Insel im damaligen Eidersteder See. Am Rande dieses Sees, dem heutigen Bordesholmer See, entwickelte sich fortan der Ort Bordesholm (= am Ufer der Insel).

Die Mönche machten die Insel im Bordesholmer See durch drei Dämme landfest und erbauten darauf die heute noch stehende Klosterkirche. Die Bauarbeiten des ersten Bauabschnitts begannen bereits 1309. Im Jahre 1332 wurde die Kirche nach Fertigstellung dieses Bauabschnitts eingeweiht.

Durch den Chorherrenstift wurde Bordesholm kultureller und wirtschaftlicher Mittelpunkt der Region zwischen Kiel und Neumünster. Das Kloster bestand bis ins Jahr 1566, bis es infolge der Reformation geschlossen wurde. Die Gebäude beherbergten in der Folgezeit bis zum Jahr 1665 eine Gelehrtenschule, bis diese nach Kiel verlegt wurde. Das reichhaltig vorhandene Vermögen des Klosters diente schliesslich zur Gründung der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel.

Das Gebiet um Bordesholm stand von 1773 bis 1864 unter dänischer Verwaltung. 1832 erbaute der damalige König von Dänemark die Altona-Kieler Chausse. Ein Teilstück der damaligen Strasse stellt die heutige Alte Landstrasse dar.

1884 wurde ca. zwei Kilometer östlich vom damaligen Ortskern der Bordesholmer Bahnhof als eine Station auf der Strecke Hamburg-Kiel erbaut. Obwohl der damalige Ort Wattenbek deutlich dichter am neuen Bahnhof lag, bekam die Station den bekannteren Namen Bordesholm.

Nach dem deutsch-dänischen Krieg wurde Bordesholm preußisch im Norddeutschen Bund. 1867 wurde dann der Landkreis Kiel mit Sitz in Bordesholm gegründet. 1883 wurde Kiel kreisfrei und schied demnach aus dem Kreis aus. Neumünster schied am 1. April 1901 ebenfalls aus. Der Landkreis wurde daraufhin 1907 in Kreis Bordesholm umbenannt. Mit der Verordnung über die Neugliederung von Landkreisen vom 1. August 1932 wurde der Kreis Bordesholm aufgelöst und dessen Gemeinden auf die Kreise Plön, Rendsburg und Segeberg aufgeteilt.

1906 wurde die Gemeinde Eiderstede aufgelöst und mit der Gemeinde Bordesholm vereinigt. Am 1. Juli 2007 gab die Gemeinde Bordesholm schliesslich ihre Amtsfreiheit auf und bildet seitdem mit den Gemeinden des bisherigen Amtes Bordesholm-Land das Amt Bordesholm.